La tradizione attribuisce ai santi apostoli Giuda Taddeo e Bartolomeo l’opera della prima evangelizzazione in terra d’Armenia. La presenza di cristiani vi è documentata già nella seconda metà del II secolo. Il Vangelo sarebbe penetrato in Armenia lungo due direttrici: dalla Siria e dalla Cappadocia, dove si era formato alla fede cristiana lo stesso San Gregorio Illuminatore (ca. 240-332). Questi, giunto in Armenia, fu imprigionato e torturato per 13 anni per essersi rifiutato di rendere omaggio alle divinità pagane. La conversione del re Tiridate III, suo persecutore e causa del martirio delle sante Hripsime e Gayane e di altre vergini loro compagne, gli restituì la libertà e fu all’origine della conversione dell’intera nazione.
La tradizione fa risalire al 301 la proclamazione del Cristianesimo quale religione di stato da parte del sovrano, che fa dell’Armenia la prima Nazione cristiana, al 302 l’ordinazione episcopale, a Cesarea, del santo Apostolo Illuminatore dell’Armenia e al 303 la fondazione della cattedrale di S. Etchmiadzin, conseguente alla visione di San Gregorio fissata nel racconto dello storico Agatangelo.
Un secolo dopo, l’invenzione dell’alfabeto armeno ad opera del santo monaco Mesrop Mashtoz (405), finalizzata alla traduzione della Bibbia, permise alla liturgia di fissarsi nella lingua armena e di assumere un carattere specifico nazionale. S. Mesrop Mashtoz è pure considerato il prototipo del vardapet [dottore], monaco-predicatore, figura che assume nella Chiesa armena una configurazione giuridica particolare ed una rilevanza ed autorevolezza superiore tra i componenti del clero, andando a costituire di fatto la classe dei maestri e dei teologi ufficiali. Secondo la tradizione, il rito dell’investitura del grado di vardapet, con la consegna del baculo magisteriale, risalirebbe allo stesso Mesrop Mashtoz.
Col tempo tende a prodursi una vera e propria identificazione dell’appartenenza etnica e nazionale armena con quella religiosa cristiana, cosicché l’Armenia, dopo aver già eroicamente resistito alla metà del V secolo al tentativo della Persia sassanide di instaurarvi con la forza il Mazdeismo, si accinge ad attraversare i secoli dell’islamizzazione dell’Oriente mediterraneo e continentale come nazione votata al martirio: il Cristianesimo è assunto a parte integrante dell’identità armena e la salvaguardia di questa si traduce nella difesa per la conservazione della fede fino all’effusione del sangue.
In seguito al Concilio di Calcedonia (451), al quale gli armeni non riescono a partecipare a causa della grave situazione in cui si trovano (è lo stesso anno della guerra dei Vartanank, di resistenza alla conversione forzata al mazdeismo), si genera un equivoco interpretativo sulla questione delle due nature umana e divina in Cristo: mentre il Concilio afferma la presenza delle due nature in Gesù Cristo, la Chiesa armena è portata dagli informatori siriaci a intravvedervi uno sdoppiamento dell’unità e unicità di Cristo, e ne afferma l’unica natura di “vero Dio e vero uomo” al tempo stesso, ma per questo è accusata dell’eresia di monofisismo, che dal canto suo respinge recisamente. Con l’intensificarsi della pressione bizantina per la grecizzazione delle regioni dell’Anatolia orientale, la Chiesa armena reagisce al rischio di assimilazione assumendo già nel II (552), ma soprattutto nel III Sinodo di Dvin (607), una posizione dichiaratamente anticalcedoniana, pur nella sostanziale ortodossia dottrinale, e diviene autocefala.
Durante il Medioevo si instaurano contatti con Roma che, soprattutto nel regno armeno di Cilicia, producono il riconoscimento del primato petrino in alcuni eminenti ecclesiastici, dando luogo ad alcune modifiche nel rito armeno, con l'introduzione di elementi latini. Con Innocenzo III si ratifica una fragile ed effimera unione nel 1198, e ancora nel 1307 il Concilio di Sis tenta una conciliazione che non ha maggiore fortuna e incontra resistenze. Nel 1330 il domenicano Bartolomeo il Piccolo e il monaco armeno Giovanni di Kerne fondano l’ordine dei Fratelli dell’Unità, per promuovere l’unione con la Chiesa romana, ma si vedranno col tempo attribuire l’epiteto spregiativo di Uniatisti. Al Concilio di Firenze del 1439 il Papa indice una seduta pubblica straordinaria il 22 novembre per l’unione degli Armeni, che accettano i punti dogmatici firmati dai Greci insieme ad alcune linee disciplinari. Il costituirsi di una gerarchia armena filoromana porta però all’irrigidimento del clero orientale, che in seguito alla caduta del regno di Cilicia e alla connessa decadenza della sede patriarcale di Sis, comincia ad incolparla di asservimento eccessivo alle Chiese romana e greca, di accettazione di formule duofisite e di indebite innovazioni rituali e disciplinari. Nel 1441, invitato il neoeletto patriarca Gregorio IX Mussabeghiantz (1440-1452) a tornare nella Sede di Etchmiadzin e ottenutone il rifiuto, è indetto un Sinodo che porta all’elezione di Kirakos Virapetzi quale nuovo Catholicos di Etchmiadzin, che si ricostituisce così in sede patriarcale.