Nel 1773 una parte dei Padri Mechitaristi, separatasi dalla comunità di San Lazzaro, venne ad insediarsi a Trieste, istituendo un nuovo monastero autocefalo. Nel 1775 un decreto di Maria Teresa concede loro cittadinanza perpetua entro i confini dell'Impero.
In conseguenza dell'occupazione francese di Trieste (1797-1805), i Padri Mechitaristi, in qualità di sudditi dell'Impero asburgico, si rifugiano a Vienna.
Il 5 dicembre 1810 un decreto dell'Imperatore Francesco I conferma il decreto di Maria Teresa e conferisce ufficialità alla presenza dei Mechitaristi a Vienna, che si stabiliscono in un convento dei Padri Cappuccini ormai chiuso, in Am Platzl, nel sobborgo di St. Ulrich.
Nel 1837 il Monastero viene ricostruito, in rapporto alle esigenze della Congregazione; la nuova chiesa è integrata nel complesso architettonico nel 1874.

Col tempo, il Monastero Mechitarista di Vienna, parallelamente a quello di S. Lazzaro, si afferma quale centro di grande rilievo e punto di riferimento della cultura armena nel mondo. Esso si arricchisce, con le donazioni, di collezioni di antichità: in particolare, raccolte numismatiche (10.000 monete armene e 20.000 di altre nazioni), ceramiche artistiche, argenterie sacre, tappeti ed altri oggetti, prevalentemente pertinenti alla produzione artistica armena. La pinacoteca raccoglie pregevoli tele di pittori armeni quali gli esponenti della famiglia Naghash e del paesaggista Ayvazovski.

Grazie ad una paziente attività di raccolta, la biblioteca si arricchisce di antichi e preziosi manoscritti armeni, andando a formare oggi, con la cifra di 2.800 unità, una delle maggiori collezioni al mondo.
La biblioteca, tra opere a stampa antiche e moderne, conta più di 170.000 volumi e vanta la più ampia raccolta di giornali e periodici armeni che si conservi nel mondo occidentale.

La Casa Madre di Vienna diviene, similmente a S. Lazzaro, centro di una fervente attività di ricerca scientifica, in approfondimento delle discipline storiche, filologiche, teologiche e filosofiche, che trovano un efficace veicolo nei periodici Handes Amsorya e nelle collane Biblioteca Nazionale, iniziata nel 1889, e Studi di Storia Armena. Tale attività è sostenuta dall'istituzione, sin dal 1811, di una tipografia poliglotta, che riprende l'opera già intrapresa a Trieste nel 1775.
Dal 1889 il Monastero di Vienna , inoltre, sede di una distilleria nota per la produzione del particolare liquore d'erbe Mekhitharine, che daterebbe al 1680 e la cui ricetta fu portata da Costantinopoli dallo stesso Fondatore Mechitar.

Nel 2000, in seguito ad un processo di riavvicinamento bilaterale, il ramo di Vienna si ricongiunge a Venezia e la Congregazione Mechitarista ritrova l'antica unità.